El órgano encargado de la evaluación técnica de las solicitudes de incentivos es el Comité de Evaluación, presidido por el director general e integrado por el director técnico y los responsables técnicos sectoriales, aunque el poder de resolución recae, en última instancia, en el Comité Ejecutivo.

El Comité de Evaluación tendrá la responsabilidad de designar expertos independientes para la evaluación de los proyectos de I+D+i pertenecientes a organismos nacionales acreditados por la Entidad Nacional de Acreditación (ENAC). El proceso de evaluación se basa en los principios de calidad, transparencia, igualdad de trato, imparcialidad, eficacia y respeto a los principios éticos fundamentales.

El plazo para la evaluación de los proyectos y la resolución de la solicitud de incentivo es de dos meses, uno de los más ágiles de los que existen actualmente para la financiación de proyectos de I+D+i.

Los criterios para la evaluación de las solicitudes son los siguientes:

1. Potencial científico y tecnológico: donde se determina el grado de competitividad científica y tecnológica del proyecto y se valora la calidad del grupo de investigación que participa en el proyecto.

2. Plan de explotación comercial: donde se evalúa el potencial de mercado de los resultados previstos y la rentabilidad y riesgos asociados al proyecto empresarial de I+D+i.

3. Impacto en la región: donde se analiza el impacto del proyecto para el conjunto de Andalucía en términos económicos, sociales y medioambientales. Se evaluará positivamente la creación de masa crítica de conocimiento en áreas estratégicas que pueden hacer de Andalucía una región diferencial.

4. Formulación de la propuesta: donde se analiza la metodología y el plan de trabajo presentado para la consecución de objetivos, así como los recursos y presupuesto presentado.

Además, se valora la participación en la propuesta de grupo/s PAIDI en un porcentaje superior al mínimo requerido,la participación en la propuesta de un centro de innovación y tecnología andaluz(reconocido por el MICINN como CIT o reconocido por la CEICE de la Junta de Andalucía)en un porcentaje superior al 5% y la participación de dos o más Universidades Andaluzas distintas en el proyecto.

También se otorga un porcentaje adicional al incentivo del 5% para aquellos proyectos en los que cooperen dos empresas independientes y del 10% en los que colaboren tres o más.