El Manual de Operación y Financiación de la Fundación recoge los criterios y procedimientos para la financiación de proyectos por parte de Corporación Tecnológica de Andalucía. Esta Fundación incentiva proyectos de investigación, desarrollo e innovación tecnológica, así como estudios de viabilidad previos a un proyecto de I+D+i, ejecutados en Andalucía por empresas de sectores considerados estratégicos y que impliquen la participación de centros o grupos de investigación andaluces de excelencia públicos (Universidades, Centros de Innovación y Tecnología, Centros de Excelencia de I+D+i y otros).

 La Fundación establece dos principios básicos de actuación, que son:

• El objetivo común prima sobre el individual, ya que se consideran los objetivos de desarrollo de Andalucía por encima del interés particular.
• Los proyectos de I+D+i son los destinatarios de los incentivos de CTA, que se otorgarán en función de su calidad y naturaleza.

Los proyectos deben ser económicamente viables y ser clasificados como proyecto de I+D o proyecto de innovación, aunque adicionalmente también se pueden abordar proyectos socialmente necesarios, es decir, que, pese a tener una rentabilidad económica inmediata incierta, aporten valor para el desarrollo de Andalucía a largo plazo.

El 25% del incentivo se concede a fondo perdido y el 75% restante es reembolsable a un tipo de interés cero, con tres años de carencia y un plazo máximo para la devolución de diez años, modulable en función de la naturaleza y características del proyecto.

Los incentivos de CTA son compatibles con otros incentivos, ingresos o recursos que se otorguen para la misma finalidad procedente de cualquiera Administración o ente público y privado, nacional, UE o de otros organismos internacionales, siempre que la orden de la otra entidad lo permita. Es más, CTA presta a sus miembros asesoramiento para la identificación de socios y búsqueda complementaria de incentivos, a partir del cual los proyectos se podrán presentar en otros programas, como las diferentes Órdenes de Incentivos de la Junta de Andalucía, los programas de ámbito estatal de apoyo a la I+D+i, Horizonte 2020 u otros programas europeos. Cabe matizar que sí están sujetos a las limitaciones del Encuadramiento Comunitario aquellos proyectos financiados con cargo a la subvención de 19,9 millones de euros concedidos por el Gobierno andaluz a CTA según lo previsto en el convenio suscrito en 2010 entre la Junta de Andalucía y el entonces Ministerio de Ciencia e Innovación.

Tanto las solicitudes de incentivación como toda la documentación adicional deben ser entregadas en formato electrónico.